Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Avsunviroidae

Estructura secundaria propuesta para miembros representativos de la familia Avsunviroidae. Los Avsunviroidae son una familia de viroides . Hay cinco especies en tres géneros ( A...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita
Estructura secundaria propuesta para miembros representativos de la familia Avsunviroidae.

Los Avsunviroidae son una familia de viroides . Hay cinco especies en tres géneros ( Avsunviroid , Elaviroid y Pelamoviroid ). [ 1 ] Consisten en genomas de ARN de entre 246 y 375 nucleótidos de longitud. Son círculos covalentes monocatenarios y presentan apareamiento de bases intramoleculares. Todos los miembros carecen de una región central conservada. [ 2 ]

Replicación

La replicación ocurre en los cloroplastos de las células vegetales. Las características clave de la replicación incluyen la ausencia de necesidad de un virus auxiliar y la falta de codificación de proteínas. A diferencia de la otra familia de viroides , Pospiviroidae , se cree que los Avsunviroidae se replican mediante un mecanismo de rodamiento simétrico . Se piensa que la cadena de ARN positiva actúa como plantilla para formar cadenas negativas con la ayuda de una enzima que se cree que es la ARN polimerasa más 3 II. Las cadenas de ARN negativas son luego escindidas por la actividad de las ribozimas y se circularizan. Un segundo mecanismo de círculo rodante forma una cadena positiva que también es escindida por la actividad de las ribozimas y luego ligada para volverse circular. Se desconoce el sitio de replicación, pero se cree que está en el cloroplasto y en presencia de iones Mg²⁺ . [ 2 ]

Estructura

Las predicciones de estructura han sugerido que existen como moléculas en forma de varilla con regiones de apareamiento de bases que causan la formación de algunos bucles en horquilla o que tienen configuraciones ramificadas. [ 2 ] [ 3 ]

La familia tiene cuatro segmentos de nucleótidos conservados,guuuc,uc,ucauc,C.Ade 5' a 3', más sus pares de Watson-Crick en el otro extremo del bucle. Esto es parte de su ribozima cabeza de martillo . [ 1 ] Por lo demás, hay poca similitud estructural en la familia. [ Fl 1 ] No tienen los motivos conservados CCH, TCR o TCH, que es una de las características que definen su separación de los Pospiviroidae. [ Fl 2 ]

Clasificación

La familia tiene tres géneros, con un total de cinco especies. [ 2 ]

Detección

La falta de una región central conservada larga hace que los Avsunviroidae sean más difíciles de identificar que los Pospiviroidae . Un método para detectarlos es usar su circularidad: una computadora puede unir muchas lecturas superpuestas que parecen formar repeticiones cuando se colocan linealmente. [ 4 ]

Referencias

  1. 1 2 Di Serio, F; Li, SF; Matoušek, J; Owens, RA; Pallás, V; Randles, JW; Sanó, T; Verhoeven, JTJ; Vidalakis, G; Flores, R; Informe Ictv, Consorcio (mayo de 2018). "Perfil de taxonomía de virus ICTV: Avsunviroidae" . La Revista de Virología General . 99 (5): 611– 612. doi : 10.1099/jgv.0.001045 . hdl : 10251/142511 . PMC 12662183 . PMID 29580320 .  
  2. 1 2 3 4 "Informe en línea de ICTV Avsunviroidae" . Archivado del original el 12 de febrero de 2022. Recuperado el 3 de mayo de 2018 .
  3. ↑ Giguère, T; Adkar-Purushothama, CR; Bolduc, F; Perreault, JP (octubre de 2014). "Elucidación de las estructuras de todos los miembros de la familia Avsunviroidae" . Molecular Plant Pathology . 15 (8): 767–79 . doi : 10.1111/mpp.12130 . PMC 6638799. PMID 25346967 .  
  4. ↑ Wu, Q; Wang, Y; Cao, M; Pantaleo, V; Burgyan, J; Li, WX; Ding, SW (6 de marzo de 2012). "Descubrimiento independiente de homología de ARN circulares patógenos replicantes mediante secuenciación profunda y un nuevo algoritmo computacional" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 109 (10): 3938–43 . Bibcode : 2012PNAS..109.3938W . doi : 10.1073/pnas.1117815109 . PMC 3309787. PMID 22345560 .  
  • Flores, Ricardo; Hernández, Carmen; Alba, A. Emilio Martínez de; Daròs, José-Antonio; Serio, Francesco Di (2005). "Viroides e interacciones viroide-huésped". Revisión Anual de Fitopatología . 43 (1). Revisiones anuales : 117– 139. doi : 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243 . ISSN 0066-4286 . PMID 16078879 .  
  1. ↑ pág. 120, "Aparte de los nucleótidos centrales conservados en sus estructuras de cabeza de martillo, no existen similitudes de secuencia extensas entre ellas"
  2. ↑ págs. 118-120, "Los otros cuatro viroides, el viroide de la mancha solar del aguacate (ASBVd) (47), el viroide del mosaico latente del melocotón (PLMVd) (45), el viroide del moteado clorótico del crisantemo (CChMVd) (65) y el viroide latente de la berenjena (ELVd) (30), no poseen los motivos conservados CCR, TCR y TCH, pero, sorprendentemente, ambas hebras de polaridad se autocortan a través de ribozimas cabeza de martillo; forman la segunda familia, Avsunviroidae (revisada en 33), cuya especie tipo es ASBVd (la inclusión formal de ELVd en esta familia está pendiente de aprobación del ICTV) (Figura 1b)."
  3. ↑ pág. 120, "ASBVd, el único viroide con un alto contenido de A + U (62%) (47), forma un género monoespecífico"
  4. 1 2 3 4 pág. 119, TABLA 1
  5. ↑ pág. 120, "y se ha propuesto que ELVd, cuyas propiedades se encuentran entre las de los miembros de los otros dos géneros, constituya su propio género (30).
  6. ↑ pág. 120, "pero PLMVd y CChMVd se agrupan en un solo género debido a su estructura secundaria ramificada (21, 45, 65), que se estabiliza mediante un pseudonudo (10; S. Gago, M. De la Peña y R. Flores, resultados no publicados) (Figura 1b), y su insolubilidad en 2M LiCl (65)."
  • Informe ICTV Online (décimo) ; Avsunviroidae
  • MicrobiologyBytes: Viroides , archivado del original el 24/02/2007 , consultado el 16/03/2007.
  • Descripción de virus vegetales - Avsunviroidae , archivado del original el 13 de febrero de 2007 , consultado el 16 de marzo de 2007.
  • ESTUDIOS SOBRE MOLÉCULAS DE ARN CATALÍTICAS RELEVANTES PARA LA HIPÓTESIS DEL MUNDO DEL ARN (PDF) , archivado del original (PDF) el 22/07/2011