El número efectivo de codones (abreviado como ENC o Nc ) es una medida para estudiar el estado de los sesgos en el uso de codones en genes y genomas. [ 1 ] La forma en que se calcula el ENC tiene similitudes evidentes con el cálculo del tamaño efectivo de la población en genética de poblaciones . [ 2 ] Aunque es fácil calcular los valores de ENC, se ha demostrado que esta medida es una de las mejores para mostrar el sesgo en el uso de codones. [ 3 ]
Desde la sugerencia original del ENC, varios investigadores han intentado mejorar el método, [ 4 ] [ 5 ] pero parece que hay mucho margen para mejorar esta medida. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
Referencias
- ↑ Wright F. (1990). "El 'número efectivo de codones' utilizado en un gen". Gene . 87 (1): 23– 29. doi : 10.1016/0378-1119(90)90491-9 . PMID 2110097 .
- ↑ Kimura, M. y Crow, JF (1964). " El número de alelos que se pueden mantener en una población finita" . Genetics . 49 (4): 725– 738. doi : 10.1093/genetics/49.4.725 . PMC 1210609. PMID 14156929 .
- ↑ Comeron JM, Aguadé M (1998). "Una evaluación de medidas de sesgo en el uso de codones sinónimos". J. Mol. Evol . 47 (3): 268– 274. Bibcode : 1998JMolE..47..268C . doi : 10.1007/PL00006384 . PMID 9732453. S2CID 21862217 .
- ↑ Novembre JA (2002). "Considerando la composición de nucleótidos de fondo al medir el sesgo en el uso de codones" . Mol. Biol. Evol . 19 (8): 1390– 1394. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004201 . PMID 12140252 .
- ↑ Fuglsang A. (2004). "Revisión del 'número efectivo de codones'". Biochem. Biophys. Res. Commun . 317 (3): 957– 964. Bibcode : 2004BBRC..317..957F . doi : 10.1016/j.bbrc.2004.03.138 . PMID 15081433 .
- ↑ Marashi SA; Najafabadi HS (2004). "Qué tan confiable es el reajuste: correspondencia sobre A. Fuglsang, "El 'número efectivo de codones' revisitado"". Biochem. Biophys. Res. Commun . 324 (1): 1– 2. Bibcode : 2004BBRC..324....1M . doi : 10.1016/j.bbrc.2004.08.213 . PMID 15464973 .
- ↑ Fuglsang A. (2005). "Sobre la debilidad metodológica del 'número efectivo de codones': una respuesta a Marashi y Najafabadi". Biochem. Biophys. Res. Commun . 327 (1): 1– 3. Bibcode : 2005BBRC..327....1F . doi : 10.1016/j.bbrc.2004.11.133 . PMID 15629420 .
- ↑ Banerjee T.; Gupta SK; Ghosh TC (2005). "Hacia una resolución sobre la debilidad metodológica inherente del "número efectivo de codones utilizados por un gen"". Biochem. Biophys. Res. Commun . 330 (4): 1015– 8. Bibcode : 2005BBRC..330.1015B . doi : 10.1016/j.bbrc.2005.02.150 . PMID 15823544 .
- ↑ Fuglsang A. (2006). "Estimación del "número efectivo de codones": el método de Wright para determinar la homocigosidad de los codones conduce a estimaciones superiores" . Genetics . 172 ( 2): 1301– 7. doi : 10.1534/genetics.105.049643 . PMC 1456227. PMID 16299393 .
- ↑ Fuglsang A. (2006). "Considerando la composición de nucleótidos de fondo al medir el sesgo en el uso de codones: una idea brillante, difícil en la práctica" . Mol. Biol. Evol . 23 (7): 1345–7 . doi : 10.1093/molbev/msl009 . PMID 16679346 .
- ↑ Fuglsang A. (2008). "Impacto de la discrepancia del sesgo y el uso de aminoácidos en las estimaciones del número efectivo de codones utilizados en un gen, y una prueba de selección en el uso de codones". Gene . 410 (1): 82–8 . doi : 10.1016/j.gene.2007.12.001 . PMID 18248919 .
- Biología molecular
- Esbozos genéticos