Dockerin

La dockerina es un dominio proteico presente en la estructura celular del celulosoma de bacterias anaerobias . Se encuentra en muchas enzimas endoglucanasas . Su proteína de unión es el dominio de cohesina , ubicado en la proteína andamiaje . Esta interacción entre los dominios de dockerina de las enzimas constituyentes del celulosoma y los dominios de cohesina de la proteína andamiaje es esencial para la construcción del complejo celulosómico. ^{[ 1 ]} El dominio de dockerina tiene dos repeticiones en tándem de un motivo de unión al calcio sin tipo EF-hand . Cada motivo se caracteriza por una estructura de bucle-hélice . ^{[ 2 ]} La estructura tridimensional de la dockerina se ha determinado en solución, ^{[ 3 ]} así como en complejo con la cohesina. ^{[ 4 ]}

Existen tres tipos de dominios Dockerin: I, II y III, que se unen a la cohesina tipo I, la cohesina tipo II y la cohesina tipo III, respectivamente. Un dominio Dockerin tipo I tiene una longitud de 65 a 70 residuos . ^{[ 5 ]} La especificidad de unión de la interacción de tipo I ha sido bien estudiada mediante estudios estructurales y de mutagénesis . La interacción de tipo II está menos caracterizada. ^{[ 6 ]}

• Mano EF
• celulosoma

Estructura de las proteínas:

• Lytle BL, Volkman BF, Westler WM, Heckman MP, Wu JH (2001). "Estructura en solución de un dominio dockerina tipo I, un nuevo dominio procariota extracelular de unión al calcio". J Mol Biol . 307 (3): 745– 753. doi : 10.1006/jmbi.2001.4522 . PMID 11273698 . 
• Bayer EA, Shimon LJ, Shoham Y, Lamed R (1998). "Celulosomas: estructura y ultraestructura". J Struct Biol . 124 ( 2–3 ): 221–234 . doi : 10.1006/jsbi.1998.4065 . PMID 10049808 . 

Caracterización de la especificidad:

• Haimovitz R, Barak Y, Morag E, Voronov-Goldman M, Shoham Y, Lamed R, Bayer EA (2008). "Microarray de cohesina-dockerina: diversas especificidades entre dos familias complementarias de módulos proteicos interactuantes". Proteomics . 8 ( 5): 968– 979. doi : 10.1002/pmic.200700486 . PMID 18219699. S2CID 206360888 .  
• Adams JJ, Webb BA, Spencer HL, Smith SP (2005). "Caracterización estructural del módulo dockerina tipo II del celulosoma de Clostridium thermocellum: efectos inducidos por calcio en la conformación y el reconocimiento del objetivo". Biochemistry . 44 (6): 2173– 2182. doi : 10.1021/bi048039u . PMID 15697243 . 
• Jindou S, Soda A, Karita S, Kajino T, Béguin P, Wu JH, Inagaki M, Kimura T, Sakka K, Ohmiya K (2004). "Interacciones cohesina-dockerina dentro y entre Clostridium josui y Clostridium thermocellum: selectividad de unión entre dominios dockerina y cohesina cognados y especificidad de especie" . J Biol Chem . 279 (11): 9867–9874 . doi : 10.1074/jbc.M308673200 . PMID 14688277 .