Hispanopedia WikiDisProt es una base de datos biológica de proteínas intrínsecamente desordenadas (IDP) y regiones (IDR) curada manualmente . [1] [2] [3] Las anotaciones de DisProt cubren información sobre el estado de la proteína, pero también, cuando está disponible, sus transiciones de estado, interacciones y aspectos funcionales del desorden detectados por métodos experimentales específicos. DisProt está alojado y mantenido en el laboratorio BioComputing UP (Departamento de Ciencias Biomédicas, Universidad de Padua ).
Sitio web
La última versión de DisProt, DisProt 9, [3] incluye más de 2300 entradas de proteínas y más de 4500 piezas de evidencia de estado estructural, transiciones de estado, interacciones y funciones, junto con más de 2500 publicaciones científicas anotadas.
Biocuración en DisProt
Las entradas de DisProt están anotadas por biocuradores profesionales y comunitarios a partir de datos experimentales publicados en la literatura científica. La página de inicio de DisProt presenta ejemplos de entradas de DisProt, es decir, p53 y Catenin beta-1 , junto con entradas de proteínas que pertenecen al virus SARS-CoV-2 , por ejemplo, Nucleoprotein .
Conjuntos de datos temáticos
A partir de 2020, DisProt publica " conjuntos de datos temáticos " que describen áreas biológicas en las que los desplazados internos participan y desempeñan un papel crucial. [3] Todas las entradas que pertenecen a estos conjuntos de datos están etiquetadas con el nombre del tema .
- Toxinas y antitoxinas unicelulares (DisProt release 2020_12)
- Proteínas de la matriz extracelular (versión DisProt 2021_06)
- Proteínas virales (publicación DisProt 2021_12)
Entradas de organismos modelo
En la página de inicio de DisProt, los organismos modelo se representan mediante un icono, el nombre de la especie y el número de entradas de DisProt que pertenecen a cada organismo específico. Las entradas de los siguientes organismos son accesibles desde la página de inicio de DisProt en la sección ' Organismos ' y se pueden descargar como archivos individuales: Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Saccharomices cerevisiae, Escherichia coli, Arabidopsis thaliana, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans .
Versiones y lanzamientos de DisProt
Las versiones y lanzamientos de DisProt incluyen cambios en el sitio web y en el contenido seleccionado manualmente de la base de datos.
- DisProt 7 [4] (2016): más de 800 entradas de proteínas y 1000 publicaciones anotadas. Cada entrada de proteína en DisProt se caracteriza por un identificador de DisProt que toma la forma del prefijo DP seguido de un identificador de proteína de 5 dígitos, p. ej. DP00016 corresponde a la proteína inhibidora de quinasa dependiente de ciclina 1. Presentaba una nueva interfaz web basada en Angular.JS .
- DisProt 8 [5] (2019): más de 1400 entradas de proteínas y más de 3000 regiones de proteínas desordenadas. DisProt 8 también introdujo el concepto de un identificador de región DisProt estable. DisProt se ha utilizado ampliamente para entrenar métodos de aprendizaje automático (ML) para predecir regiones desordenadas en proteínas. Además, DisProt se ha utilizado para comprender las propiedades de proteínas intrínsecamente no estructuradas. [6] DisProt 8 presentó una nueva interfaz web y una API extendida y una nueva interfaz de anotación que integra tecnologías de minería de texto.
- DisProt 9 [3] (2021): más de 2300 entradas de proteínas y más de 4500 piezas de evidencia, anotadas a partir de más de 2500 artículos científicos. DisProt 9 presenta una interfaz web rediseñada y una ontología de proteínas intrínsecamente desordenadas (IDPO) refactorizada. Se proporciona una mejor interoperabilidad mediante la adopción de la ontología de genes (anotaciones de interacciones y funciones de IDP e IDR) y la ontología de evidencia y conclusión (anotaciones de métodos experimentales).
Ontologías DisProt
DisProt utiliza tres ontologías diferentes para anotar regiones desordenadas: la ontología de proteínas intrínsecamente desordenadas (IDPO), la ontología de evidencia y conclusión (ECO) y la ontología genética (GO) . DisProt tiene una página dedicada a cada término IDPO que incluye el identificador, el nombre y la definición del término y referencias cruzadas a ontologías externas, por ejemplo, la ontología genética. Cada página de término IDPO enumera todas las entradas de DisProt anotadas con ese término específico.
- Ontología de proteínas intrínsecamente desordenadas: se utiliza para anotar los siguientes tipos de evidencia, 1. estado estructural (es decir, desorden, glóbulo prefundido, glóbulo fundido, orden ), 2. transición estructural (transiciones entre estados estructurales) y 3. autofunciones (por ejemplo, autoinhibición ) y funciones asociadas con el estado no estructurado de la proteína (por ejemplo, enlazador/espaciador flexible ).
- Ontología de Evidencia y Conclusión: se utiliza para anotar los métodos experimentales utilizados para evaluar la presencia de desorden intrínseco o uno de sus aspectos, por ejemplo, evidencia de dicroísmo circular .
- Ontología genética: se utiliza para anotar socios de unión, por ejemplo, unión de proteínas , y otras funciones, por ejemplo, chaperona de plegamiento de ARN .
Enlaces externos
- Página de inicio de DisProt
- Blog de DisProt
Referencias
- ^ Vucetic, Slobodan; Obradovic, Zoran; Vacic, Vladimir; Radivojac, Predrag; Peng, Kang; Iakoucheva, Lilia M.; Cortese, Marc S.; Lawson, J. David; Brown, Celeste J. (1 de enero de 2005). "DisProt: una base de datos de trastornos proteínicos". Bioinformática . 21 (1): 137– 140. doi : 10.1093/bioinformatics/bth476 . ISSN 1367-4803. PMID 15310560.
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- ^ Piovesan, Damiano; Tabaro, Francesco; Mičetić, Ivan; Necci, Marco; Quaglia, Federica; Oldfield, Christopher J.; Aspromonte, Maria Cristina; Davey, Norman E.; Davidović, Radoslav (28 de noviembre de 2016). "DisProt 7.0: una importante actualización de la base de datos de proteínas desordenadas". Investigación en ácidos nucleicos . 45 (D1): D219 – D227 . doi :10.1093/nar/gkw1056. ISSN 1362-4962. PMC 5210544 . PMID 27899601.
- ^ Hatos, András; Hajdu-Soltész, Borbála; Monzón, Alexander M.; Palopoli, Nicolás; Álvarez, Lucía; Aykac-Fas, Burcu; Bassot, Claudio; Benítez, Guillermo I.; Bevilacqua, Martina; Chasapi, Anastasia; Chemes, Lucía (2019). "DisProt: anotación del trastorno de proteínas intrínsecas en 2020". Investigación de ácidos nucleicos . 48 (D1): D269 – D276 . doi : 10.1093/nar/gkz975 . PMC 7145575 . PMID 31713636.
- ^ Kovačević JJ (junio de 2012). "Análisis computacional del contenido de desorden dependiente de la posición en la base de datos DisProt". Genómica, proteómica, bioinformática . 10 (3): 158– 65. doi :10.1016/j.gpb.2012.01.002. PMC 5056116. PMID 22917189 .
