Articulo de referencia

Dendrograma

Dendrograma de un agrupamiento jerárquico (UPGMA) con la altura de los nodos (adaptado de datos de secuencia de ARNr 5S bacteriano [ 1 ] ). Dendrograma resultante del agrupamien...

Dendrograma de un agrupamiento jerárquico (UPGMA) con la altura de los nodos (adaptado de datos de secuencia de ARNr 5S bacteriano [ 1 ] ).
Dendrograma resultante del agrupamiento jerárquico de provincias marinas utilizando la presencia/ausencia de especies de esponjas. [ 2 ]
Un dendrograma del Árbol de la Vida . Este árbol filogenético está adaptado del análisis de ARNr de Woese et al. [ 3 ] La línea vertical en la parte inferior representa el último ancestro común universal (LUCA).
Mapa de calor de datos de RNA-Seq que muestra dos dendrogramas en los márgenes izquierdo y superior.

Un dendrograma es un diagrama que representa un grafo de árbol . Esta representación diagramática se utiliza con frecuencia en diferentes contextos:

El nombre dendrograma deriva de dos palabras griegas antiguas : δένδρον ( déndron ), que significa "árbol", y γράμμα ( grámma ), que significa "dibujo, figura matemática". [ 7 ] [ 8 ]

Ejemplo de agrupamiento

Para un ejemplo de agrupamiento, supongamos que cinco taxones (a{\displaystyle a}ami{\displaystyle e}) se han agrupado mediante UPGMA basándose en una matriz de distancias genéticas . El dendrograma de agrupamiento jerárquico mostraría una columna de cinco nodos que representan los datos iniciales (en este caso, taxones individuales), y los nodos restantes representan los clústeres a los que pertenecen los datos, con flechas que representan la distancia (disimilitud). La distancia entre clústeres fusionados es monótona, aumentando con el nivel de fusión: la altura de cada nodo en el gráfico es proporcional al valor de la disimilitud intergrupal entre sus dos descendientes (los nodos de la derecha representan observaciones individuales, todas representadas con altura cero).

Véase también

Referencias

Citas

  1. Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Inferencia filogenética". En Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Sistemática molecular, 2.ª edición . Sunderland, MA: Sinauer. pp. 407–514 . ISBN  978-0-87893-282-5.
  2. ^ Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J (2012). "Diversidad global de esponjas (Porifera)" . MÁS UNO . 7 (4) e35105. Código Bib : 2012PLoSO...735105V . doi : 10.1371/journal.pone.0035105 . PMC 3338747 . PMID 22558119 .  
  3. Woese, Carl R. ; Kandler, O ; Wheelis, M (1990). "Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea, Bacteria y Eucarya" (PDF) . Proc Natl Acad Sci USA . 87 (12): 4576– 4579. Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .  
  4. Everitt, Brian (1998). Diccionario de estadística . Cambridge, Reino Unido: Cambridge University Press. pág . 96. ISBN  0-521-59346-8.
  5. Wilkinson, Leland; Friendly, Michael (mayo de 2009). "La historia del mapa de calor de clústeres". The American Statistician . 63 (2): 179– 184. CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . doi : 10.1198/tas.2009.0033 . S2CID 122792460 .  
  6. "Árbol filogenético (biología)" . Enciclopedia Británica . Consultado el 22 de octubre de 2018 .
  7. ^ Bailly, Anatole (1 de enero de 1981). Abrégé du dictionnaire grec français . París: Hachette. ISBN 2-01-003528-3OCLC 461974285 
  8. Bailly, Anatole. «Diccionario griego-francés en línea» . www.tabularium.be . Archivado del original el 18 de marzo de 2022. Consultado el 20 de octubre de 2018 .

Fuentes

  • Galili, T. (2015). " dendextend: un paquete de R para visualizar, ajustar y comparar árboles de agrupamiento jerárquico" . Bioinformatics . 31 (22): 3718– 3720. doi : 10.1093/bioinformatics/btv428 . PMC 4817050. PMID 26209431 .  
  • Dendrograma de iris : ejemplo de cómo usar un dendrograma para visualizar los 3 grupos del agrupamiento jerárquico usando el método "completo" frente a la categoría de especie real (usando R ).