David Sankoff

David Sankoff (nacido el 31 de diciembre de 1942) es un matemático, bioinformático , científico informático y lingüista canadiense. Es titular de la Cátedra de Investigación de Canadá en Genómica Matemática en el Departamento de Matemáticas y Estadística de la Universidad de Ottawa , y está adscrito al Departamento de Biología y a la Escuela de Tecnologías de la Información e Ingeniería. Fue editor fundador de la revista científica Language Variation and Change (Cambridge) ^{[ 6 ]} y forma parte de los consejos editoriales de varias revistas de bioinformática, biología computacional y lingüística. ^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]} Sankoff es conocido principalmente por sus contribuciones pioneras en lingüística computacional y genómica computacional . ^{[ 3 ]} Se le considera uno de los fundadores de la bioinformática . En particular, tuvo un papel clave en la introducción de la programación dinámica ^{[ 11 ]} para el alineamiento de secuencias y otros problemas en biología computacional . En palabras de Pavel Pevzner , ^{[ 2 ]} " Michael Waterman y David Sankoff son responsables de transformar la bioinformática de una 'colección de sellos' de problemas mal definidos en una disciplina rigurosa con importantes aplicaciones biológicas."

Sankoff publicó su primer artículo en 1963 ^{[ 12 ]} mientras era estudiante de pregrado en Matemáticas en la Universidad McGill . A partir de su investigación doctoral, desarrolló formulaciones matemáticas para varios conceptos fundamentales en la sociolingüística e histórica, incluyendo la glotocronología ^{[ 13 ]} , el análisis de reglas variables (con Henrietta Cedergren) ^{[ 14 ]} , el mercado lingüístico ^{[ 15 ]} y la alternancia de códigos ^{[ 16 ]} .

Después de completar su doctorado en matemáticas, Sankoff comenzó su carrera académica en la Universidad de Montreal en 1969. En 1971, Sankoff se interesó en la comparación de secuencias moleculares ^{[ 11 ]} y diseñó la primera variante de tiempo cuadrático del algoritmo de Needleman-Wunsch para alineación de secuencias por pares . ^{[ 17 ]} En 1973, Sankoff y Robert Cedergren desarrollaron un método de estimación conjunta para filogenia y alineación de secuencias múltiples de ARN ribosomal 5S , ^{[ 18 ]} sentando las bases algorítmicas de la genómica comparativa . En 1975, Sankoff y Václav Chvátal estudiaron el comportamiento del problema de la subsecuencia común más larga en entradas aleatorias; ^{[ 19 ]} las constantes de proporcionalidad que surgieron en este estudio se han llegado a conocer como las constantes de Chvátal-Sankoff . En 1980, Robert Cedergen y David Sankoff crearon el primer grupo de investigación en bioinformática en la Universidad de Montreal . ^{[ 20 ]} El trabajo de Sankoff en bioinformática aborda la estructura secundaria del ARN , los reordenamientos del genoma , la alineación de secuencias , la evolución del genoma y la filogenética . ^{[ 21 ]}