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caBIG

La Red de Informática Biomédica para el Cáncer ( caBIG ) fue un programa del gobierno estadounidense para desarrollar una red de información de código abierto y acceso abierto l...

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La Red de Informática Biomédica para el Cáncer ( caBIG ) fue un programa del gobierno estadounidense para desarrollar una red de información de código abierto y acceso abierto llamada caGrid para el intercambio seguro de datos sobre la investigación del cáncer. La iniciativa fue desarrollada por el Instituto Nacional del Cáncer (parte de los Institutos Nacionales de la Salud ) y mantenida por el Centro de Informática Biomédica y Tecnología de la Información (CBIIT), con la gestión del programa a cargo de Booz Allen Hamilton . En 2011, un informe sobre caBIG planteó importantes dudas sobre su eficacia y supervisión, y su presupuesto y alcance se redujeron significativamente. En mayo de 2012, se creó el Programa Nacional de Informática del Cáncer (NCIP) como programa sucesor de caBIG.

Historia

El Instituto Nacional del Cáncer (NCI) de los Estados Unidos financió la iniciativa de la Red de Informática Biomédica para el Cáncer (caBIG) en la primavera de 2004, dirigida por Kenneth Buetow. [ 1 ] Su objetivo era conectar a los investigadores biomédicos del cáncer de EE. UU. mediante la tecnología conocida como computación en malla . El programa, liderado por el Centro de Bioinformática y Tecnología de la Información (CBIIT), comenzó con una fase piloto de 3 años. La fase piloto concluyó en marzo de 2007 y se anunció un ensayo. [ 2 ] Buetow promovió el programa en 2008. [ 1 ] [ 3 ]

Además de caGrid, la infraestructura subyacente para el intercambio de datos entre organizaciones, caBIG desarrolló herramientas de software, políticas de intercambio de datos y estándares y vocabularios comunes para facilitar dicho intercambio .

Herramientas de software objetivo:

caBIG buscaba proporcionar tecnología fundamental para un enfoque de la biomedicina que denominó «sistema de atención médica de aprendizaje». [ 4 ] Este sistema se basa en el rápido intercambio de información entre todos los sectores de investigación y atención médica, de modo que investigadores y clínicos puedan revisar de forma colaborativa e incorporar con precisión los hallazgos más recientes en su trabajo. El objetivo final era acelerar el proceso de investigación biomédica. También se promovió para lo que a menudo se denomina Medicina Personalizada . La tecnología caBIG se utilizó en ensayos clínicos adaptativos , como el Estudio de Investigación de Estudios Seriales para Predecir su Respuesta Terapéutica con Imágenes y Análisis Molecular 2 (I-SPY2), diseñado para utilizar biomarcadores para determinar la terapia adecuada para mujeres con cáncer de mama avanzado . [ 5 ]

Tecnología de la información sanitaria

La tecnología de la información sanitaria (HIT) se promovió para la gestión y el intercambio seguro de información médica entre investigadores, proveedores de atención médica y consumidores. Las iniciativas de HIT que mencionan caBIG fueron: NCI y la Sociedad Estadounidense de Oncología Clínica iniciaron una colaboración para crear un sistema de registro electrónico de salud específico para oncología utilizando los estándares caBIG para la interoperabilidad y que permitirá a los oncólogos gestionar la información del paciente en un formato electrónico que capture con precisión los problemas de intervención específicos únicos de la oncología. La Red Nacional de Información Sanitaria fue una iniciativa para compartir datos clínicos de pacientes entre fuentes geográficamente dispares y crear un intercambio nacional de información sanitaria vinculado electrónicamente . Podría estar relacionado de alguna manera.

Colaboraciones

En 2008 se formó un consorcio de salud llamado A BIG para promover la medicina personalizada, pero se disolvió en 2012. [ 6 ] En julio de 2009, caBIG anunció una colaboración con la Fundación de Investigación Dra. Susan Love para crear una cohorte en línea de mujeres dispuestas a participar en ensayos clínicos. [ 7 ] Llamada Army of Women, tenía como objetivo un millón de participantes en su base de datos; en diciembre de 2009 se lanzó el sitio y, para 2010, se habían registrado alrededor de 30 000 mujeres y hombres. [ 8 ]

El Atlas del Genoma del Cáncer tenía como objetivo caracterizar más de 10 000 tumores en al menos 20 tipos de cáncer para 2015. caBIG proporcionó conectividad, estándares de datos y herramientas para recopilar, organizar, compartir y analizar los diversos datos de investigación en su base de datos. Desde 2007, el NCI trabajó con el Instituto Nacional de Investigación del Cáncer del Reino Unido (NCRI). Las dos organizaciones compartieron tecnologías para la investigación colaborativa y el intercambio seguro de datos de investigación utilizando caGrid y el portal web de Intercambio de Información Oncológica del NCRI (ONIX) , anunciado en agosto de 2009. [ 9 ] ONIX cerró en marzo de 2012. [ 10 ] El Instituto del Cáncer de Duke utilizó las herramientas de ensayos clínicos de caBIG en su colaboración con el Hospital Oncológico de Pekín de la Universidad de Pekín . [ 11 ]

Implementación

El proyecto tenía como objetivo conectar 65 centros oncológicos designados por el NCI para facilitar la investigación colaborativa. Las instituciones participantes podían adoptar las herramientas de caBIG para compartir datos directamente a través de caGrid, o adaptar software comercial o desarrollado internamente para que fuera compatible con caBIG. El programa caBIG desarrolló kits de desarrollo de software (SDK) para herramientas de software interoperables e instrucciones sobre el proceso de adaptación de herramientas existentes o desarrollo de aplicaciones compatibles con caBIG.

El programa Enterprise Support Network incluía experiencia especializada en dominios específicos y proveedores de servicios de soporte, organizaciones externas que prestan asistencia mediante contratos de servicios. [ 12 ] Un portal web que utilizaba el software Liferay estuvo disponible desde 2008 hasta 2013. [ 13 ]

Código abierto

Desde 2004, el programa caBIG utilizó comunidades de código abierto , adaptadas de otras asociaciones público-privadas. El programa caBIG produjo software bajo contrato para equipos de desarrollo de software, en su mayoría pertenecientes a la comunidad de investigación comercial.

En general, el software desarrollado bajo contratos del gobierno estadounidense es propiedad del gobierno de EE. UU. y de los contribuyentes estadounidenses. Dependiendo de los términos de cada contrato, podría ser accesible únicamente mediante solicitud amparada por la Ley de Libertad de Información (FOIA). La demora en la respuesta a dichas solicitudes podría impedir que el solicitante obtenga algún beneficio secundario del software divulgado en virtud de una solicitud FOIA.

El programa caBIG puso todo su software en un repositorio de software de libre acceso para su descarga. El código abierto significa que cualquiera puede modificar el software descargado; sin embargo, la licencia aplicada permite una mayor flexibilidad de lo habitual. Tanto particulares como empresas pueden contribuir con el código modificado al programa caBIG, pero no están obligados a hacerlo. Del mismo modo, las modificaciones pueden publicarse como código abierto, pero tampoco es obligatorio. La licencia de caBIG incluso permite que las aplicaciones y componentes de caBIG, junto con sus adiciones y modificaciones, se comercialicen como productos. Estos aspectos del programa caBIG fomentan la comercialización de la tecnología caBIG.

Resultados

En 2008, GlaxoSmithKline anunció que compartiría datos genómicos de células cancerosas con caBIG. [ 14 ] Algunas empresas privadas afirmaron obtener beneficios de la tecnología caBIG en 2010. [ 15 ]

Se creó un sitio web de la comunidad caGrid en 2007. [ 16 ] La versión 1.x del software principal se agregó a un proyecto de GitHub a mediados de 2013, bajo la licencia BSD de 3 cláusulas . [ 17 ] Utilizaba la versión 4.03 de Globus Toolkit y el sistema de entorno de trabajo Taverna para gestionar el flujo de trabajo y el lenguaje de ejecución de procesos de negocio . [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] El software llamado Introduce se desarrolló alrededor de 2006. [ 20 ] Entre los colaboradores se encontraban el Centro de Ciencias Clínicas y Traslacionales de la Universidad Estatal de Ohio , la Universidad de Duke , la Universidad de Chicago - Laboratorio Nacional Argonne y las empresas privadas Booz Allen Hamilton , Ekagra Software Technologies y Semantic Bits. [ 16 ]

Crítica

Para 2008, algunos cuestionaron si el programa estaba beneficiando a las grandes compañías farmacéuticas. [ 21 ] Para 2011, el proyecto había gastado aproximadamente $350 millones. [ 22 ] Aunque el objetivo se consideró loable, gran parte del software fue adoptado de manera desigual después de haber sido desarrollado a un alto costo para competir con las ofertas comerciales. En marzo de 2011, una evaluación del grupo de trabajo del NCI concluyó que caBIG "...se expandió mucho más allá de esos objetivos para implementar una empresa de software excesivamente compleja y ambiciosa de herramientas con la marca del NCI, especialmente en el espacio del Sistema de Gestión de Ensayos Clínicos (CTMS). Estas han producido una tracción limitada en la comunidad oncológica, compiten con proveedores comerciales establecidos y crean compromisos de mantenimiento y soporte a largo plazo financieramente insostenibles para el NCI". [ 2 ] En 2012, el NCI anunció un nuevo programa, el Programa Nacional de Informática Oncológica (NCIP), como sucesor de caBIG. [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]

caGrid

La red informática y el software caGrid dieron soporte a la iniciativa Cancer Biomedical Informatics Grid (caBIG) del Instituto Nacional del Cáncer de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU .

caBIG era una infraestructura virtual de informática de carácter voluntario que conectaba datos, herramientas de investigación, científicos y organizaciones.

En 2013, el Programa Nacional de Informática Oncológica (NCIP) relanzó caGrid bajo la licencia BSD de 3 cláusulas y migró el repositorio de código fuente a GitHub .

caGrid utilizó la versión 4.03 del Globus Toolkit, producido por la Globus Alliance.

Gestión de programas

El proyecto caGrid y gran parte de su financiación fueron gestionados por Booz Allen Hamilton .

Portal

El Portal caGrid era una aplicación web basada en Liferay que permitía a los usuarios descubrir e interactuar con los servicios disponibles en la infraestructura caGrid. El Portal servía como herramienta principal de visualización para el middleware caGrid . También funcionaba como fuente de información de caBIG. A través del Portal caGrid, los usuarios tenían acceso a información sobre los participantes de caBIG, los puntos de contacto (POC) de caGrid y noticias y eventos relacionados con caGrid.

Flujo de trabajo

El flujo de trabajo de caGrid utiliza:

Colaboradores

Crítica

En marzo de 2011, el NCI publicó una revisión exhaustiva de CaBIG, el programa CBIIT del NCI que financió el desarrollo del software caGrid (véase,), que incluía una larga lista de problemas con el programa y recomendaba que se interrumpiera la mayoría de los proyectos de desarrollo de software.

Referencias

  1. 1 2 Kenneth Buetow (1 de abril de 2008). "Rumbo al gran momento" (PDF) . The Scientist . Vol.  22, n.º  4, pág.  60. Archivado del original (PDF) el 4 de marzo de 2012. Consultado el 9 de septiembre de 2013 .
  2. 1 2 Grupo de Trabajo Ad Hoc de la Junta de Asesores Científicos (3 de marzo de 2011). "Una evaluación del impacto de la Red de Informática Biomédica del Cáncer del NCI (caBIG®)" (PDF) . Instituto Nacional del Cáncer. Archivado del original (PDF) el 25 de marzo de 2016. Recuperado el 14 de agosto de 2017 .
  3. ↑ Laurie Wiegler (14 de julio de 2008). "Conectando a la comunidad del cáncer caBIG Time" . Bio IT World . Archivado del original el 10 de junio de 2011. Recuperado el 10 de septiembre de 2013 .
  4. ↑ "Un sistema de atención médica de aprendizaje para el cuidado del cáncer" . Archivado del original el 7 de marzo de 2010. Consultado el 9 de marzo de 2010 .
  5. ↑ Barker AD, Sigman CC, Kelloff GJ, Hylton NM, Berry DA, Esserman LJ (julio de 2009). "I-SPY 2: un diseño de ensayo adaptativo para el cáncer de mama en el contexto de la quimioterapia neoadyuvante". Clinical Pharmacology and Therapeutics . 86 (1): 97– 100. doi : 10.1038/clpt.2009.68 . PMID 19440188. S2CID 22909517 .  
  6. ↑ "BIG Health Consortium" . Archivado del original el 13 de febrero de 2009. Consultado el 10 de junio de 2013 .
  7. ↑ Edyta Zielinska (22 de julio de 2009). "NCI aborda la inscripción en ensayos clínicos" . The Scientist . Archivado del original el 16 de agosto de 2011. Consultado el 4 de octubre de 2011 .
  8. ↑ "Estudio sobre la salud de las mujeres" . Sitio web de Army of Women . Archivado del original el 30 de mayo de 2010. Consultado el 4 de octubre de 2011 .
  9. ↑ "NCRI lanza ONIX, portal gratuito de investigación oncológica en línea" . Oncology Times UK . Agosto de 2009. pág. 4. 
  10. ↑ "Iniciativa de Informática del NCRI" . NCRI. Archivado del original el 22 de agosto de 2013. Recuperado el 10 de septiembre de 2013 .
  11. ↑ "Duke desempeña un papel fundamental en un proyecto nacional para mejorar la atención oncológica" (PDF) . Notas del Centro Oncológico . Centro Oncológico Integral de Duke. Marzo de 2004. pág. 6. Archivado del original (PDF) el 4 de marzo de 2016. Consultado el 10 de junio de 2013 . 
  12. ↑ "Red de apoyo empresarial" . Archivado del original el 28 de mayo de 2010. Consultado el 9 de marzo de 2010 .
  13. ↑ "Puerta de acceso a la red de informática biomédica del cáncer" . Antiguo portal web . Archivado del original el 7 de septiembre de 2008.
  14. ↑ "GlaxoSmithKline colabora con el Instituto Nacional del Cáncer para poner a disposición de todos los investigadores del cáncer una gran cantidad de datos genómicos de células cancerosas" . Comunicado de prensa . Datos genómicos de células cancerosas disponibles. Archivado del original el 27 de junio de 2008. Consultado el 10 de junio de 2013 .
  15. ↑ "Una sinergia inesperada y fortuita: BIGR® y caBIG®" . Sitio web de la empresa . HealthCare IT, Inc. Archivado del original el 18 de octubre de 2010. Consultado el 10 de junio de 2013 .
  16. 1 2 "CaGrid" . Sitio web . Archivado del original el 1 de julio de 2007. Recuperado el 10 de septiembre de 2013 .
  17. 1 2 "Bienvenido al proyecto principal de caGrid" . GitHub . Consultado el 9 de septiembre de 2013 .
  18. ↑ Wei Tan; Paolo Missier; Ravi Madduri; Ian Foster (2009). "Construyendo flujos de trabajo científicos con Taverna y BPEL: un estudio comparativo en caGrid". Computación orientada a servicios – ICSOC 2007 (PDF) . Notas de clase en ciencias de la computación. Vol. 5472. págs. 118–129 . doi : 10.1007/978-3-642-01247-1_11 . ISBN   978-3-642-01246-4.
  19. ↑ Wei Tan; Ian Foster ; Ravi Madduri (noviembre-diciembre de 2008). "Combinando el poder de Taverna y caGrid: flujos de trabajo científicos que permiten la colaboración a escala web". IEEE Internet Computing . 12 (6): 61– 68. doi : 10.1109/MIC.2008.120 . S2CID 2690862 . 
  20. ↑ Shannon Hastings; Scott Oster; Stephen Langella; David Ervin; Tahsin Kurc y Joel Saltz (diciembre de 2007). "Introducción: un conjunto de herramientas de código abierto para el desarrollo rápido de servicios de cuadrícula fuertemente tipados" . Journal of Grid Computing . 5 (4): 407– 427. doi : 10.1007/s10723-007-9074-8 .
  21. ↑ Gareth Halfacree (23 de junio de 2008). "Se abre la investigación del cáncer" . Bit-Tech. Archivado del original el 20 de marzo de 2012. Consultado el 10 de junio de 2013 .
  22. ↑ John Foley (8 de abril de 2011). "Informe critica duramente la problemática red de investigación del cáncer" . Information Week . Consultado el 10 de junio de 2013 .
  23. ↑ Uduak Grace Thomas (20 de abril de 2012). "NCI reorganiza sus esfuerzos en informática oncológica; recorta algunos programas caBIG y traslada otros al NCIP" . BIOINFORM . Consultado el 25 de abril de 2012 .
  24. ↑ George A. Komatsoulis. "Anuncio del programa" . Instituto Nacional del Cáncer. Archivado del original el 30 de julio de 2012. Consultado el 10 de junio de 2013 .
  25. ↑ Harold Varmus. "Acerca del NCIP" . Instituto Nacional del Cáncer. Archivado del original el 6 de agosto de 2013. Consultado el 9 de septiembre de 2013 .

Lecturas adicionales

  • Abernethy AP, Coeytauz R, Rowe K, Wheeler JL, Lyerly HK . La captura electrónica de datos reportados por el paciente como base de un sistema de atención médica de aprendizaje. JCO. 2009;27:6522.
  • Buetow KH. caBIG: prueba de concepto para la atención oncológica personalizada. JCO. 2009:27 Suppl 15S:e20712.
  • Holford ME, Rajeevan H, Zhao H, Kidd KK, Cheung KH (2009). "Integración basada en la web semántica de vías de cáncer y datos de frecuencia alélica" . Cancer Informatics . 8 : 19–30 . doi : 10.4137/CIN.S1006 . PMC 2664696. PMID 19458791 .  
  • Huang T, Shenoy PJ, Sinha R, Graiser M, Bumpers KW, Flowers CR (2009). "Desarrollo de la base de datos de arquitectura empresarial de linfoma: un sistema compatible con el nivel plata de caBIG" . Cancer Informatics . 8 : 45–64 . doi : 10.4137/CIN.S940 . PMC 2675136. PMID 19492074 .  
  • Kunz I, Lin MC, Frey L (2009). "Mapeo y reutilización de metadatos en caBIG" . BMC Bioinformatics . 10 (Supl. 2): S4. doi : 10.1186/1471-2105-10-S2-S4 . PMC 2646244. PMID 19208192 .  
  • Ohmann C, Kuchinke W (2009). "Desarrollos futuros de la informática médica desde el punto de vista de la investigación clínica en red. Interoperabilidad e integración" . Methods of Information in Medicine . 48 (1): 45– 54. doi : 10.3414/me9137 . PMID 19151883. S2CID 23089030 .  {{cite journal}}: CS1 maint: servicio de archivado obsoleto ( enlace )
  • Phan JH, Moffitt RA, Stokes TH, et  al. (junio de 2009). "Convergencia de biomarcadores, bioinformática y nanotecnología para el tratamiento individualizado del cáncer" . Trends in Biotechnology . 27 (6): 350– 8. doi : 10.1016/j.tibtech.2009.02.010 . PMC 3779321. PMID 19409634 .  
  • Staes CJ, Xu W, LeFevre SD, et  al. (2009). "Un caso para usar la arquitectura de cuadrícula para la informática de salud pública estatal: la perspectiva de Utah" . BMC Medical Informatics and Decision Making . 9 : 32. doi : 10.1186/1472-6947-9-32 . PMC 2707374. PMID 19545428 .  
  • Peter A. Covitz; Frank Hartel; Carl Schaefer; Sherri De Coronado; Gilberto Fragoso; Himanso Sahni; Scott Gustafson y Kenneth H. Buetow (23 de abril de 2003). "caCORE: Una infraestructura común para la informática del cáncer". Bioinformatics . 19 (18): 2404– 2412. doi : 10.1093/bioinformatics/btg335 . PMID 14668224 . 
  • “La tecnología de la información en salud se vuelve personal”, InformationWeek (13/11/09)
  • “Datos de salud en bruto”, archivado el 26/12/2010 en Wayback Machine Government Health IT (06/11/09)
  • “NCI abrirá su red de investigación al ‘ejército’ de pacientes con cáncer”, Archivado el 26/11/2010 en Wayback Machine Government Health IT (10/9/09)
  • “GridBriefing: El futuro de la atención médica: salud electrónica y computación en malla”, GridTalk (9/09)
  • “La colaboración y la sostenibilidad son protagonistas en la celebración del quinto aniversario de caBIG”, GenomeWeb/BioInform (7/09)
  • “Compartiendo la riqueza de los datos”, Scientific American (5/09)
  • “La investigación traslacional impulsa la demanda de biobancos 'virtuales' basados ​​en las herramientas caBIG”, GenomeWeb/BioInfom (4/3/09)
  • "caGrid" . Archivado del original el 5 de febrero de 2012. Consultado el 22 de noviembre de 2016 .
  • "caGrid 1.0: Una infraestructura de red empresarial para la investigación biomédica" .
  • "Habilitación del aprovisionamiento y la gestión de una estructura de confianza de red federada" .
  • "Introducción: Un conjunto de herramientas de código abierto para el desarrollo rápido de servicios de cuadrícula fuertemente tipados" .
  • "caGrid: diseño e implementación de la arquitectura central de la red de informática biomédica oncológica" .
  • Tan, Wei; Foster, Ian; Madduri, Ravi (2008). "Combinando el poder de Taverna y caGrid: flujos de trabajo científicos que permiten la colaboración a escala web". IEEE Internet Computing . 12 (6): 61– 68. doi : 10.1109/MIC.2008.120 . S2CID 2690862 . 
  • Sitio web para consumidores/usuarios de caBIG (no técnico)
  • Sitio web de la comunidad caBIG (técnico)
  • wiki de caGrid
  • Proyecto caGrid gforge
  • Portal de caGrid

Componentes

  • Presentamos Toolkit , también un proyecto de la incubadora Globus.
  • Servicios de datos
  • Metadatos
  • Seguridad
    • Servicio de Delegación de Credenciales (CDS)
    • dorio
    • GUARDIAS
    • Agrupador de cuadrícula
    • Servicio de Confianza de Red (GTS)
    • WebSSO : componente de inicio de sesión único web , basado en JASIG CAS.
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