Secuencia de Referencia de Cambridge

La secuencia de referencia de Cambridge ( CRS ) para el ADN mitocondrial humano se anunció por primera vez en 1981. ^{[ 2 ]}

Un grupo liderado por Fred Sanger en la Universidad de Cambridge había secuenciado el genoma mitocondrial de una mujer de ascendencia europea ^{[ 3 ]} durante la década de 1970, determinando que tenía una longitud de 16.569 pares de bases (0,0006% del genoma nuclear humano) que contenía unos 37 genes y publicó esta secuencia en 1981. ^{[ 2 ]} Debido a un error, la longitud real es de 16.568.

Cuando otros investigadores repitieron la secuenciación, se observaron algunas discrepancias notables. La secuencia original publicada incluía once errores, entre ellos un par de bases extra en la posición 3107del (era C, pero ahora es N), y asignaciones incorrectas de pares de bases individuales. Algunos de estos errores fueron resultado de la contaminación con muestras bovinas y de células HeLa . La secuencia de referencia corregida (CRS) fue publicada por Andrews et al. en 1999. ^{[ 4 ]} (Se conservó la numeración original de nucleótidos para evitar confusiones). La secuencia de referencia pertenece al haplogrupo macroeuropeo H2a2a1 . La CRS revisada se denomina rCRS . Está depositada en la base de datos GenBank del NCBI con el número de acceso NC_012920. ^{[ 1 ]}

Cuando se utiliza la secuenciación del ADN mitocondrial con fines genealógicos , los resultados suelen reportarse como diferencias con respecto a la secuencia de referencia revisada (CRS). La CRS es una secuencia de referencia, no un registro del ADNmt humano más antiguo. Una diferencia entre una muestra analizada y la CRS puede haber surgido en el linaje de la CRS o en el linaje de la muestra analizada. La CRS incluye siete nucleótidos que son polimorfismos raros : 263A, 311C-315C, 750A, 1438A, 4769A, 8860A y 15326A. ^{[ 5 ]}

En ocasiones, también se ha utilizado una secuencia de referencia africana (Yoruba) alternativa en lugar de la de Cambridge. Esta tiene un sistema de numeración diferente, una longitud de 16 571 pares de bases y representa el genoma mitocondrial de un individuo africano. Otras secuencias de referencia alternativas que también se han utilizado en ocasiones incluyen las secuencias africanas (Uganda), suecas y japonesas. ^{[ 6 ]}

En 2012, se propuso que la Secuencia de Referencia de Cambridge revisada (rCRS) fuera reemplazada por una nueva Secuencia de Referencia de Sapiens Reconstruida (RSRS). ^{[ 7 ]} La RSRS mantiene el mismo sistema de numeración que la CRS, pero representa el genoma ancestral de la Eva mitocondrial , de la cual descienden todas las mitocondrias humanas conocidas actualmente. La RSRS debería ser más útil para comparar los cambios en diferentes haplogrupos ^{[ 3 ]} aunque esto ha sido objeto de debate. ^{[ 8 ]} Family Tree DNA informa resultados para el ADNmt tanto para rCRS como para RSRS. ^{[ 3 ]}

• Registro de GenBank de la secuencia de referencia de Cambridge revisada (rCRS)
• Una secuencia de referencia de Cambridge revisada y anotada (rCRS) en PhyloTree.org