Bowtie (análisis de secuencia)

Bowtie es un paquete de software que se utiliza comúnmente para la alineación de secuencias y el análisis de secuencias en bioinformática . ^[3] El código fuente del paquete se distribuye de forma gratuita y los binarios compilados están disponibles para las plataformas Linux , macOS y Windows . A partir de 2017, el artículo de Genome Biology que describe el método Bowtie original ha sido citado más de 11.000 veces. ^[3] Bowtie es un software de código abierto y actualmente lo mantiene la Universidad Johns Hopkins .

Historia

El alineador de secuencias Bowtie fue desarrollado originalmente por Ben Langmead et al. en la Universidad de Maryland en 2009. ^[3] El alineador se utiliza normalmente con lecturas cortas y un genoma de referencia grande , o para el análisis del genoma completo . Bowtie se promociona como "un alineador corto ultrarrápido y eficiente en memoria para secuencias de ADN cortas ". El aumento de velocidad de Bowtie se debe en parte a la implementación de la transformada de Burrows-Wheeler para la alineación, ^[4] que reduce la huella de memoria (normalmente a alrededor de 2,2 GB para el genoma humano); ^[5] un método similar es utilizado por los métodos de alineación BWA ^[6] y SOAP2 ^[7] . ^[5]

Bowtie realiza una búsqueda aleatorizada, ávida y de calidad que prioriza la profundidad en el espacio de posibles alineaciones. Debido a que la búsqueda es ávida, la primera alineación válida que encuentre Bowtie no será necesariamente la "mejor" en términos de cantidad de desajustes o en términos de calidad.

Bowtie se utiliza como alineador de secuencias en varios otros algoritmos bioinformáticos relacionados, incluidos TopHat , ^[8] Cufflinks ^[9] y el paquete CummeRbund Bioconductor . ^[10]

pajarita 2

El 16 de octubre de 2011, los desarrolladores lanzaron una versión beta del proyecto llamada Bowtie 2. [ ^11] Además de la transformación de Burrows-Wheeler, Bowtie 2 también utiliza un índice FM (similar a una matriz de sufijos ) para mantener pequeña su huella de memoria. Debido a su implementación, Bowtie 2 es más adecuado para encontrar alineaciones más largas y con espacios en blanco en comparación con el método Bowtie original. No hay un límite superior en la longitud de lectura en Bowtie 2 y permite que las alineaciones se superpongan a caracteres ambiguos en la referencia.

Referencias

^ "Bowtie: un alineador de lectura corta ultrarrápido y con uso eficiente de la memoria". bowtie-bio.sourceforge.net . Consultado el 28 de marzo de 2021 .
^ "Bowtie 2: alineación de lectura rápida y sensible". bowtie-bio.sourceforge.net . Consultado el 28 de marzo de 2021 .
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Enlaces externos

Página de pajaritas en SourceForge
Página de Bowtie 2 en SourceForge

[1] "Bowtie: un alineador de lectura corta ultrarrápido y con uso eficiente de la memoria". bowtie-bio.sourceforge.net . Consultado el 28 de marzo de 2021 .

[2] "Bowtie 2: alineación de lectura rápida y sensible". bowtie-bio.sourceforge.net . Consultado el 28 de marzo de 2021 .

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[cufflinks-9] Trapnell, Cole; Roberts, Adam ; Goff, Loyal; Pertea, Geo; Kim, Daehwan; Kelley, David R; Pimentel, Harold; Salzberg, Steven L; Rinn, John L; Pachter, Lior (1 de marzo de 2012). "Análisis diferencial de la expresión génica y de transcripción de experimentos de secuenciación de ARN con TopHat y Cufflinks". Nature Protocols . 7 (3): 562–578. doi :10.1038/nprot.2012.016. PMC 3334321 . PMID 22383036.

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