Bgee

Bgee es una base de datos mantenida por el Instituto Suizo de Bioinformática SIB y la Universidad de Lausana para la recuperación y comparación de patrones de expresión génica de estudios de RNA-Seq , scRNA-Seq , Microarray , hibridación in situ y EST , en múltiples especies animales . ^[¹^]^[²^] Bgee proporciona una respuesta intuitiva a la pregunta ¿ dónde se expresa un gen? y apoya la investigación en cáncer y agricultura , así como en biología evolutiva .

Bgee se basa exclusivamente en datos de expresión genética de tipo silvestre sanos y seleccionados cuidadosamente (es decir, sin eliminación de genes , sin tratamiento, sin enfermedad ), para proporcionar una referencia comparable de la expresión genética de tipo silvestre sano.

Bgee genera señales de presencia/ausencia de expresión, así como de sobreexpresión/subexpresión diferencial, integradas con información sobre la ortología genética y la homología entre órganos . Esto permite comparar los patrones de expresión entre especies .

Bgee permite realizar búsquedas por gen , órgano / tejido / tipo de célula y etapa de desarrollo .

Bgee forma parte de los Recursos Globales de Biodatos Básicos (GCBR) y de los Recursos de Datos Básicos de ELIXIR, que representan "componentes críticos para garantizar la reproducibilidad y la integridad de la investigación en ciencias de la vida". Bgee también es un Recurso de Interoperabilidad Recomendado por ELIXIR que facilita las actividades que apoyan los principios FAIR en la investigación científica.

Referencias

^ Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M (2008). "Bgee: Integración y comparación de datos de transcriptoma heterogéneos entre especies" . Integración de datos en las ciencias de la vida . Notas de clase en informática. Vol. 5109. pp. 124–131 . doi : 10.1007/978-3-540-69828-9_12 . ISBN 978-3-540-69827-2.
^ Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, et al. (enero de 2021). "The Bgee suite: atlas de expresión curado integrado y transcriptómica comparativa en animales" . Nucleic Acids Research . 49 (D1): D831– D847. doi : 10.1093/nar/ gkaa793 . PMC 7778977. PMID 33037820 .

Lecturas adicionales

Niknejad A, Mungall CJ, Osumi-Sutherland D, Robinson-Rechavi M, Bastian F (2022). "Creación y unificación de ontologías de desarrollo y etapas de vida para animales". arXiv : 2206.12231 [ q-bio.QM ].
Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M, Bastian F (2018). "BgeeDB, un paquete de R para la recuperación de conjuntos de datos de expresión curados y para pruebas de enriquecimiento de localización de expresión de listas de genes" . F1000Research . 5 : 2748. doi : 10.12688/f1000research.9973.2 . PMC 6113886. PMID 30467516 .
Haendel MA, Balhoff JP, Bastian FB, Blackburn DC, Blake JA, Bradford Y, et al. (2014). " Unificación de ontologías de anatomía de vertebrados multiespecie para biología comparada en Uberon" . J Biomed Semantics . 5 : 21. doi : 10.1186/2041-1480-5-21 . PMC 4089931. PMID 25009735 .

Enlaces externos

"Bgee es un nuevo recurso de interoperabilidad recomendado por ELIXIR" . ELIXIR. 14 de diciembre de 2023.
"Bgee se une a la Coalición Global de Datos Biológicos Básicos" . GCB (Coalición Global de Datos Biológicos). 11 de diciembre de 2023.
"Acerca de Bgee" . SIB (Instituto Suizo de Bioinformática). 4 de enero de 2021.

[1] Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M (2008). "Bgee: Integración y comparación de datos de transcriptoma heterogéneos entre especies" . Integración de datos en las ciencias de la vida . Notas de clase en informática. Vol. 5109. pp. 124–131 . doi : 10.1007/978-3-540-69828-9_12 . ISBN 978-3-540-69827-2.

[2] Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, et al. (enero de 2021). "The Bgee suite: atlas de expresión curado integrado y transcriptómica comparativa en animales" . Nucleic Acids Research . 49 (D1): D831– D847. doi : 10.1093/nar/ gkaa793 . PMC 7778977. PMID 33037820 .

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