Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas

El Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas ( ICNP ) o Código Procariota , anteriormente Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias ( ICNB ) o Código Bacteriológico ( BC ), rige los nombres científicos de Bacterias y Arqueas . ^{[ 1 ] [ 2 ]} Indica las reglas para nombrar taxones de bacterias, según su rango relativo. Como tal, es uno de los códigos de nomenclatura de la biología .

Originalmente, el Código Internacional de Nomenclatura Botánica se centraba en las bacterias, y mantuvo referencias a ellas hasta que fueron eliminadas en el Congreso Botánico Internacional de 1975. Un código inicial para la nomenclatura de bacterias fue aprobado en el 4.º Congreso Internacional de Microbiología en 1947, pero posteriormente fue descartado.

La última versión impresa en formato de libro es la Revisión de 1990, ^{[ 3 ]} pero el libro no refleja las reglas vigentes. Las Revisiones de 2008 y 2022 se han publicado en la Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva (IJSEM). ^{[ 2 ]} Las reglas son mantenidas por el Comité Internacional de Sistemática de Procariotas (ICSP; anteriormente Comité Internacional de Bacteriología Sistemática, ICSB).

La base para los nombres bacterianos son las Listas Aprobadas ^{[ 4 ]} con un punto de partida de 1980. Los nuevos nombres bacterianos son revisados ​​por el ICSP para comprobar que cumplen con las Reglas de Nomenclatura y se publican en el IJSEM .

Desde 1975, la mayoría de las bacterias estaban incluidas en el código bacteriológico. Sin embargo, las cianobacterias seguían incluidas en el código botánico. A partir de 1999, las cianobacterias quedaron incluidas tanto en el código botánico como en el bacteriológico. Esta situación ha causado problemas de nomenclatura para las cianobacterias. ^{[ 5 ] [ 6 ]} Para 2020, existían tres propuestas para resolver la situación:

1. Excluir las cianobacterias del código bacteriológico. ^{[ 7 ]}
2. Aplicar el código bacteriológico a todas las cianobacterias. ^{[ 8 ]}
3. Tratar las publicaciones válidas según el código botánico como publicaciones válidas según el código bacteriológico. ^{[ 9 ]}

En 2021, el ICSP realizó una votación formal sobre las tres propuestas y se eligió la tercera opción. ^{[ 10 ]}

Desde 2001, cuando se describe una nueva especie bacteriana o arqueana, se debe designar una cepa tipo. ^{[ 11 ]} La cepa tipo es un cultivo vivo al que se le asigna formalmente el nombre científico de ese organismo. Para que un nuevo nombre de especie se publique válidamente, la cepa tipo debe estar depositada en una colección pública de cultivos en al menos dos países diferentes. ^{[ 12 ]} Antes de 2001, una especie también podía tipificarse mediante una descripción, un espécimen conservado o una ilustración. ^{[ 11 ]} Existe una única cepa tipo para cada especie procariota, pero diferentes colecciones de cultivos pueden designar un nombre único para la misma cepa. Por ejemplo, la cepa tipo de E. coli (originalmente cepa U5/41) se denomina ATCC 11775 por la Colección Americana de Cultivos Tipo , DSM 30083 por la Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares , JCM 1649 por la Colección Japonesa de Microorganismos y LMG 2092 por las Colecciones Coordinadas Belgas de Microorganismos . ^{[ 13 ] [ 14 ]}

Cuando una especie procariota no puede cultivarse en el laboratorio (y, por lo tanto, no puede depositarse en una colección de cultivos), se le puede asignar un nombre Candidatus provisional , pero no se considera válidamente publicado. ^{[ 15 ]} Desde 2024, estos nombres pueden ser "pro-válidamente publicados" y convertirse en "pro-legítimos" y "pro-correctos". Esto requiere que el nombre cumpla con la mayoría de los requisitos existentes para una publicación válida (y análogamente para la legitimidad y la corrección), excepto que el depósito del cultivo en la Regla 30 puede ser reemplazado por un cultivo vivo que no cumpla con los requisitos de la Regla 30, un espécimen conservado, un genoma secuenciado depositado en el INSDC o una secuencia de un solo gen depositada en el INSDC. Los nombres Candidatus pro-legítimos compiten entre sí por la prioridad, pero no compiten con los nombres legítimos "reales". ^{[ 16 ]}

Antes del mecanismo de publicación pro-valid, la validación de los nombres Candidatus recaía en el Código de Nomenclatura de Procariotas Descritos a partir de Datos de Secuencia ( SeqCode ), publicado por la Sociedad Internacional de Ecología Microbiana , una organización independiente de la ICSP, en 2022. ^{[ 17 ]}

Diferencias notables en las reglas:

• No se permite el uso de guiones. Los nombres previamente unidos por guiones y los nuevos compuestos deben unirse simplemente. ^{[ 18 ] : Regla 12a}
• No se permiten diacríticos. Hay reemplazos fijos de dos letras para algunas letras con diacríticos. ^{[ 18 ] : Regla 64} No hay una excepción aclaratoria para la diéresis (ë) como en la Regla 60.7 del Código de Shenzhen . ^{[ 19 ]}

Diferencias notables en la práctica recomendada:

• Se recomienda diferenciar los nombres científicos «mediante una tipografía distinta, por ejemplo, cursiva, o mediante algún otro recurso». El uso de la cursiva no es obligatorio. ^{[ 18 ] : 4.A.(3)}
  • En el ICNP no existen reglas específicas para el uso de cursivas según el rango. Si bien muchas editoriales optan por usar cursiva solo para géneros y especies, la revista afiliada IJSEM y el propio texto del ICNP utilizan cursiva para todos los nombres científicos (con la excepción del formato específico para Candidatus ).
  • Las palabras o abreviaturas latinas que siguen a un nombre científico en cursiva no deben ir en cursiva. Pueden escribirse en fuente romana (normal) o en negrita si se desea diferenciarlas. ^{[ 18 ] : Regla 33a:Nota 2}
• El término de citación del autor ex debe usarse entre paréntesis, en la forma " Taxón (ex Anterior) Posterior ". Las revisiones posteriores deben citarse en la forma " Taxón (Posterior ex Anterior) Posterior ". non también debe ir entre paréntesis, como en " Achromobacter Yabuuchi y Yano 1981 (non Achromobacter Bergey et al. 1923 )". ^{[ 18 ] : 4.B.(3)}

• Buchanan, RE y Ralph St. John-Brooks. (1947, junio) (Editores). Código de nomenclatura bacteriológica propuesto . Desarrollado a partir de propuestas aprobadas por el Comité Internacional de Nomenclatura Bacteriológica en la Reunión del Tercer Congreso Internacional de Microbiología. Publicación autorizada en Sesión Plenaria, págs.  61. Iowa State College Press, Ames, Iowa. EE. UU. HathiTrust .
• Buchanan RE, St, John-Brooks R., Breed RS (1948). " Código internacional de nomenclatura bacteriológica" . Journal of Bacteriology . 55 (3): 287– 306. doi : 10.1128/jb.55.3.287-306.1948 . PMC 518444. PMID 16561459 .  {{cite journal}}: CS1 maint: nombres múltiples: lista de autores ( enlace ) Reimpreso en 1949, Journal of General Microbiology 3, 444–462.
• Comité Internacional de Nomenclatura Bacteriológica. (1958, junio). Código internacional de nomenclatura de bacterias y virus . Ames, Iowa State College Press. BHL .
• Lapage, SP, Sneath, PHA, Lessel, EF, Skerman, VBD, Seeliger, HPR y Clark, WA (1975). Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias . Revisión de 1975. Sociedad Americana de Microbiología, Washington, DC.
• Lapage, SP, Sneath, PHA, Lessel, EF, Skerman, VBD, Seeliger, HPR y Clark, WA (1992). Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias . Código Bacteriológico. Revisión de 1990. Sociedad Americana de Microbiología, Washington, DC enlace .
• Parker, CT, Tindall, BJ y Garrity, GM, eds. (2019). Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas. Código Procariota (Revisión 2008) . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva 69(1A): S1–S111. doi: 10.1099/ijsem.0.000778
• Oren, Aharon; Arahal, David R.; Göker, Markus; Moore, Edward RB; Rossello-Mora, Ramon; Sutcliffe, Iain C. (1 de mayo de 2023). "Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas. Código Procariota (Revisión 2022)" . Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva . 73 (5a). doi : 10.1099/ijsem.0.005585 . hdl : 10261/338243 . PMID 37219928 . 

• Glosario de nomenclatura científica
• Comité Internacional de Taxonomía de Virus
• Sociedad de Microbiología
• Código de Nomenclatura de Procariotas Descritos a partir de Datos de Secuencia – sistema independiente

• Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva en Línea
• Tindall BJ (julio de 1999). "Malentendido del código bacteriológico". Int. J. Syst. Bacteriol . 49 (3): 1313– 6. doi : 10.1099/00207713-49-3-1313 . PMID 10425796 . 
• Lista de nombres procariotas con estatus en la nomenclatura
• Búsqueda de nomenclatura procariota proporcionada por NamesforLife