Análisis de varianza molecular

El análisis de varianza molecular ( AMOVA ) es un modelo estadístico para el algoritmo molecular en una sola especie , típicamente biológica . ^{[ 1 ]} El nombre y el modelo están inspirados en el ANOVA . El método fue desarrollado por Laurent Excoffier , Peter Smouse y Joseph Quattro en la Universidad de Rutgers en 1992.

Desde que desarrolló AMOVA, Excoffier ha escrito un programa para realizar este tipo de análisis. Este programa, que funciona en Windows , se llama Arlequin y está disponible gratuitamente en el sitio web de Excoffier. También existen implementaciones en lenguaje R en los paquetes ade4 y pegas, ambos disponibles en CRAN (Comprehensive R Archive Network). Otra implementación se encuentra en Info-Gen , que también funciona en Windows . La versión para estudiantes es gratuita y completamente funcional. El idioma nativo de la aplicación es el español, pero también está disponible una versión en inglés.

^{GenAlEx [ 2 ]} , un paquete estadístico gratuito adicional, está orientado tanto a la docencia como a la investigación y permite realizar análisis genéticos complejos y compararlos dentro de la interfaz de Microsoft Excel, de uso común. Este software permite calcular análisis como AMOVA, así como realizar comparaciones con otros tipos de estadísticas relacionadas, como la estadística F y el índice de Shannon, entre otras.

Referencias

↑ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (junio de 1992). "Análisis de la varianza molecular inferida a partir de distancias métricas entre haplotipos de ADN: aplicación a datos de restricción del ADN mitocondrial humano" ( Texto completo gratuito) . Genetics . 131 (2): 479–91 . doi : 10.1093/genetics/131.2.479 . ISSN 0016-6731 . PMC 1205020. PMID 1644282 .
↑ Peakall, R. y Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: análisis genético en Excel. Software de genética de poblaciones para la docencia y la investigación: una actualización. Bioinformatics 28, 2537–2539.

Enlaces externos

Sitio web de Arlequin 3
Cálculo AMOVA en línea para datos Y-STR
Sitio web Info-Gen
Sitio web de GenAIEx

[1] Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (junio de 1992). "Análisis de la varianza molecular inferida a partir de distancias métricas entre haplotipos de ADN: aplicación a datos de restricción del ADN mitocondrial humano" ( Texto completo gratuito) . Genetics . 131 (2): 479–91 . doi : 10.1093/genetics/131.2.479 . ISSN 0016-6731 . PMC 1205020. PMID 1644282 .

[2] Peakall, R. y Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: análisis genético en Excel. Software de genética de poblaciones para la docencia y la investigación: una actualización. Bioinformatics 28, 2537–2539.

[ 1 ]

GenAlEx [ 2 ]