Alfasatélites

Alphasatellitidae es una familia de ácidos nucleicos satélite de ADN monocatenarioque dependen de la presencia de otro virus (un virus auxiliar ) para replicar sus genomas. Por lo tanto, tienen genomas mínimos con una redundancia genómica muy baja. El genoma es una única molécula de ADN circular . Los primeros alfasatélites se describieron en 1999 y se asociaron con la enfermedad del rizado de la hoja del algodón y la enfermedad de la vena amarilla del Ageratum. ^{[ 1 ] [ 2 ]} A medida que los begomovirus se caracterizan a nivel molecular, se describe un número creciente de alfasatélites.

Estos virus eran conocidos anteriormente como componentes de ADN 1. ^{[ 3 ]}

Estos virus se encuentran generalmente en el Viejo Mundo. Se han aislado varios en el Nuevo Mundo, pero su relación con los virus que los albergan aún se está estudiando.

El genoma tiene entre 1300 y 1400 nucleótidos de longitud y presenta tres características conservadas: una estructura en horquilla, un único marco de lectura abierto (ORF) y una región rica en adenina . ^{[ 4 ]}

La estructura en horquilla presenta un bucle que incluye el nonanucleótido TAGTATTAC, común a los nanovirus y que difiere de la secuencia TAATATTAC de los geminivirus en un nucleótido. Tanto en geminivirus como en nanovirus, esta secuencia contiene el origen de replicación ( ori ) y es cortada por la proteína iniciadora de la replicación en círculo rodante para iniciar la replicación del ADN viral. Con base en las estructuras en horquilla, los alfasatélites se pueden dividir en 5 clados. ^{[ 5 ]}

El marco de lectura abierto codifica una proteína iniciadora de replicación en círculo rodante (Rep) similar a la que se encuentra en los nanovirus . La proteína codificada tiene un peso molecular de aproximadamente 36,6 kilodaltons y consta de unos 315 aminoácidos. Está altamente conservada, con una identidad de secuencia de aminoácidos del 86,3 % al 100,0 % entre los aislados. ^{[ 5 ]}

La región rica en adenina se encuentra inmediatamente después del gen rep y tiene una longitud aproximada de 153 a 169 nucleótidos , con un contenido de adenina de entre el 52,3 % y el 58,4 %. El análisis filogenético de esta región muestra que se puede dividir en tres clados que corresponden a los encontrados en el análisis filogenético del genoma completo. ^{[ 5 ]} Esta porción del genoma parece ser redundante. ^{[ 6 ]}

Se ha descrito un posible segundo ORF en el genoma de un virus alfasatélite. ^{[ 7 ]} Se desconoce la importancia de este hallazgo (si la tiene).

La recombinación ocurre entre alfasatélites. ^{[ 8 ]}

No existen viriones distintivos porque los genomas virales están encapsulados dentro de la proteína de la cubierta del virus auxiliar. ^{[ 5 ]}

Los alfasatélites asociados a los begomovirus requieren un begomovirus para su movimiento en plantas y transmisión por insectos, pero son capaces de autorreplicarse en plantas hospedantes. No parecen causar enfermedades en las plantas ni alterar el curso de la infección por el begomovirus. Podrían reducir la gravedad de la infección por begomovirus. ^{[ 9 ] [ 10 ]}

También se han descrito alfasatélites asociados a Nanoviridae . Estos tienden a ser ligeramente más cortos (1100–1300 nucleótidos) y codifican proteínas además del gen rep . Debido al genoma de múltiples componentes de Nanoviridae , inicialmente no se reconocieron como genomas distintos. ^{[ 11 ] [ 12 ] [ 13 ]}

Los alfasatélites pueden ser el objetivo del silenciamiento de ARN. ^{[ 14 ]}

Los alfasatélites se agrupan en la familia Alphasatellitidae . Esta familia tiene tres subfamilias y 20 géneros. Se reconocen las siguientes subfamilias y géneros (-satellitinae denota subfamilia y -satellitinae denota género): ^{[ 15 ]}

Dadas las similitudes entre las proteínas rep de los alfasatélites y los nanovirus , es probable que los alfasatélites hayan evolucionado a partir de los nanovirus. ^{[ 5 ]}

Estos virus se han utilizado en el desarrollo de estudios de silenciamiento génico viral. ^{[ 16 ]}

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