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AMPHORA ("Aplicación Automatizada de Inferencia Filogenómica") es un flujo de trabajo bioinformático de código abierto . [ 1 ] [ 2 ] AMPHORA2 utiliza 31 genes marcadores filogen...

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AMPHORA ("Aplicación Automatizada de Inferencia Filogenómica") es un flujo de trabajo bioinformático de código abierto . [ 1 ] [ 2 ] AMPHORA2 utiliza 31 genes marcadores filogenéticos bacterianos y 104 arqueales para inferir información filogenética a partir de conjuntos de datos metagenómicos . La mayoría de los genes marcadores son genes de copia única, por lo que AMPHORA2 es adecuado para inferir la composición taxonómica precisa de las comunidades bacterianas y arqueales a partir de datos de secuenciación metagenómica de escopeta .

AMPHORA se utilizó por primera vez para el reanálisis de los datos metagenómicos del Mar de los Sargazos [ 3 ] en 2008, pero recientemente hay cada vez más conjuntos de datos metagenómicos en el Archivo de Lecturas de Secuencias esperando ser analizados con AMPHORA2.

AmphoraNet

AmphoraNet [ 4 ] es la implementación del servidor web del flujo de trabajo AMPHORA2 desarrollado por el Grupo de Bioinformática de PIT. AmphoraNet utiliza las opciones predeterminadas de AMPHORA2.

AmphoraVizu

AmphoraVizu [ 5 ] es un servidor web desarrollado por el Grupo de Bioinformática de PIT que es capaz de visualizar las salidas generadas por AMPHORA2 o su implementación de servidor web AmphoraNet.

Referencias

  1. ↑ Wu, Martin; JA Eisen (2008). "Un método simple, rápido y preciso de inferencia filogenómica" . Genome Biol . 9 (10): R151. doi : 10.1186 / gb-2008-9-10-r151 . PMC 2760878. PMID 18851752 .  
  2. ↑ Wu, Martin; AJ Scott (2012). "Análisis filogenómico de secuencias bacterianas y arqueales con AMPHORA2" . Bioinformatics . 28 (7): 1033–1034 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts079 . PMID 22332237 . 
  3. ↑ Venter, J. Craig; et al. (2004). "Secuenciación de genoma ambiental por escopeta del Mar de los Sargazos". Science . 304 (5667): 66– 74. Bibcode : 2004Sci...304...66V . CiteSeerX 10.1.1.124.1840 . doi : 10.1126/science.1093857 . PMID 15001713 . S2CID 1454587 .    
  4. ↑ Kerepesi, Csaba; et al. (2014). "La implementación en servidor web del conjunto de herramientas de flujo de trabajo metagenómico AMPHORA2". Gene . 533 (2): 538– 540. doi : 10.1016/j.gene.2013.10.015 . PMID 24144838 .  
  5. ↑ Kerepesi, Csaba; et al. (2014). "Análisis visual de la composición cuantitativa de comunidades metagenómicas: el servidor web AmphoraVizu". Ecología microbiana . 69 (3): 695– 697. doi : 10.1007/s00248-014-0502-6 . PMID 25296554 . S2CID 14207754 .   
  • [ https://web.archive.org/web/20160303214151/http://wolbachia.biology.virginia.edu/WuLab/Software.html Filos

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