ABCdb

ABCdb es una base de datos biológica para los transportadores de casete de unión a adenosín trifosfato (ABC) codificados por genomas de arqueas y bacterias completamente secuenciados . Estas proteínas son importantes para el transporte de sustancias al interior de las células y se encuentran en todos los organismos vivos.

La mayoría de los sistemas ABC funcionan transportando un compuesto a través de una membrana hacia el interior de la célula (importador) o hacia el exterior (exportador), para lo cual el sistema genera energía mediante la hidrólisis del trifosfato de adenosina (ATP) . Los transportadores ABC están presentes en todos los organismos vivos.

Un sistema transportador ABC consta como mínimo de dos componentes: una casete de unión a ATP y un dominio transmembrana o dominio que atraviesa la membrana . Estos suelen ser proteínas separadas o pueden presentarse como dominios proteicos . Un transportador ABC típico se compone de dos dominios de unión a nucleótidos que energizan el transporte mediante la hidrólisis de ATP y de dos dominios que atraviesan la membrana y que actúan como un canal de membrana para el sustrato. Los importadores requieren una proteína de unión a solutos que reconozca y se una al sustrato .

Los diferentes componentes de un sistema ABC generalmente están codificados por genes vecinos.

Las proteínas ABC forman una superfamilia de proteínas codificada por grandes familias de genes parálogos . El análisis de secuencias muestra que los miembros de la superfamilia ABC podrían haber divergido de formas ancestrales comunes y permite organizar las proteínas ABC en subfamilias. La clasificación de los sistemas ABC en (sub)familias puede ayudar a predecir qué sustratos pueden ser transportados por el sistema.

ABCdb es un recurso público , ^{[ 1 ]} desde el cual se puede:

• Seleccione una cepa del árbol de especies y vea todos sus sistemas ABC, clasificados en (sub)familias.
• Para una subfamilia ABC en particular, compare todas las proteínas de procariotas completamente secuenciados.
• Utiliza una secuencia de proteínas y compárala con ABCdb para encontrar anotaciones de proteínas similares.

• Proteína de transporte de membrana
• Base de datos de clasificación de transportadores TCDB
• Transportistas ABC
• Dominio de unión a ATP de los transportadores ABC
• Dominio transmembrana de los transportadores ABC

• http://www-abcdb.biotoul.fr/ Sitio web de ABCdb